中科院偏向于科学研究，工程院则偏向于工程技术，就像如今推行的教育改革一样，一个是注重培养学术型人才，另一个则是注重技术技能型人才。

职能的不同：中科院是个科研机构，中国工程院则不是，其成立的目的就是为了管理分散在全国各地、各个不同单位的工程院院士。

中科院院士的成长，主要靠重点综合大学和大师的熏陶；而工程院院士的成长，主要靠重点理工科大学和大量的工程技术实践而成为一名杰出的科学家或技术专家。

中科院在各地都有分院，研究特定的方向和领域，自己也有大学；而工程院更像一个俱乐部性质，管理分散在全国各地、各个不同单位的工程院院士。